Die Züge der S50 verkehren im Stundentakt zwischen 4.30 Uhr und 1.00 Uhr mit Halt an allen Bahnhöfen des Regionalverkehrs. Von 6.00 Uhr bis 24.00 Uhr verkehren alle Züge durch den Ceneri-Basistunnel.

Die Wagen der S50 ab Biasca Richtung Süden befinden sich im hinteren Teil der Komposition, hinter den Wagen der S10. In Mendrisio werden die Kompositionen getrennt. Die S10 fährt weiter bis Como S. Giovanni, während die S50 bis zum Flughafen Malpensa verkehrt. Ab Flughafen Malpensa Richtung Norden wird die S50 in Mendrisio an die S10 angekuppelt. Bis Biasca verkehren die beiden Linien in einer einzigen Zugkomposition.

Allen Reisenden wird empfohlen, die Fahrzeiten ihrer gewünschten Verbindung zu überprüfen.