La linea S50 è il collegamento che unisce Biasca, Bellinzona, Lugano, Varese e Malpensa passando da Mendrisio.

I collegamenti S50 circolano ogni 60 minuti con fermata in tutte le stazioni del traffico regionale lungo la tratta. Tutti i collegamenti dalle 6.00 alle 24.00 circolano via galleria di base del Ceneri.

Da Biasca in direzione sud, i collegamenti della linea S50 viaggiano nella parte posteriore del treno, dietro ai collegamenti della linea S10. A Mendrisio i due convogli vengono separati e la S10 prosegue fino a Como S. Giovanni, mentre la S50 continua il suo viaggio fino a Malpensa Aeroporto. Da Malpensa in direzione nord, la S50 viene unita alla S10 a Mendrisio e prosegue come unico convoglio fino a Biasca.

Si consiglia a tutti i viaggiatori di verificare gli orari dei propri collegamenti.